2003年，包括北大、清华在内的国内22所高校率先开展自主选拔录取试点。其时，根据《教育部办公厅关于做好高等学校自主选拔录取改革试点工作的通知》的规定，自主选拔录取招生人数不超过试点学校当年本科招生计划总数的5%，故俗称“5%自主招生”。入选考生均须参加全国统考，成绩达到生源所在省（自治区、直辖市）确定的与试点学校同批次录取控制分数线的，省级招办应向考生选报的试点学校投档。

在上海，复旦交大等高校曾各有自己的选才思路。比如，复旦曾圈定三种学生，一种是参加复旦大学自行组织的“保送生暨优秀高中毕业生选拔测试”的学生中的优秀者，一种是部分中学校长推荐的优秀学生，一种是自荐的优秀生。上海交大则通过冬令营进行第一轮选拔，之后再经过面试或测试等方式确定自主招生对象。有资格入围的考生多是学科竞赛的优胜者。

2006年，复旦、交大两校开始进行“自主选拔录取改革试验”，与2003年22所高校开始的“自主选拔录取改革试点”有一点最大的不同，就是这两所高校以面试成绩作为录取的主要依据，而高考成绩只作为参考依据，此举当时被称为“破冰之举”。也是从这一年开始，复旦大学正式推出了“千分考”。

仅仅两年之后，富有特色的“单兵作战”，不得不让位于抱团掐尖的高校“联盟”。

2009年10月清华大学与上海交大、中科大、南京大学和西安交大协议结成“五校联考”，并在2010年1月16日进行了自主招生选拔的联合笔试，形成了最早的“华约”五校。2010年10月23日和11月20日，浙江大学与中国人民大学先后加入了“华约”。

2010年11月22日，北京大学联合复旦大学、南开大学等六所高校同时在招生网上发布公告，宣称七校将举行自主选拔联合考试，“华约”与“北约”的对峙格局正式形成。当年11月25日，中山大学、武汉大学等六所高校宣布加入“北约”，“北约”联盟扩充至13所高校。

2010年11月25日，同济大学、东南大学和哈尔滨工业大学(等八所以理工科见长的高校宣布将合作自主招生，并签署了《卓越人才培养合作框架协议》，标志着“同盟”(或称“卓约”)的诞生。之后随着重庆大学的加入，“同盟”扩至9校。

到2010年，全国已有80所一本院校取得自主招生特权。一批重点高校更获权突破5%的名额限制，比例可达10%。

高校自主招生三大“联盟”形成后，在社会上引起不小的争议，甚至被称为“小高考”。

2011年12月，复旦大学公布《2012年“望道计划”自主选拔录取改革试点招生简章》，最大的变化就是该校不再参加“北约”自主招生联考，同年退出“北约”的还有南开。谈及原因时，复旦披露了一条重要消息：与往年相比，近年联考平均录取率为10%左右，而复旦上一年自主试点联考板块的实际录取率低于2%。也就是说，绝大部分学生都没有享受到招生优惠政策，只是增加了学生的负担。